原剧中碇真嗣在刚登场的时候就被第五使徒攻击了，那炽热的光柱在他弹射到地面还未来得及接触束缚的时候就已经落到了初号机的身上，直接将初号机贯穿，不过还好没有命中要害，不然这部剧就可以完结了。
这次或许是看碇真嗣训练的表现还不错，也有可能是其他的打算，总之碇真嗣的父亲碇源渡直接下令，让碇真嗣驾驶着初号机出战。
叶云跟铭烟薇都知道碇真嗣出去的结局，不过他们都没有说，随后的发展也正如原剧那般，初号机刚被弹射到地面，还没来得及解开弹射束缚器，那炽热的光柱便洞穿了初号机，而由于eva是跟驾驶员以神经连接的方式连接道一起的，驾驶员就相当于eva的大脑，因此初号机被贯穿的那一瞬间，那剧烈的疼痛让驾驶舱当中的碇真嗣凄厉嚎叫了起来。
作为作战指挥官的葛城美里见状当即命令回收初号机，这一道光束就已经将初号机半废了，要是再来一道，拘束器都没有解开，毫无躲闪能力的初号机估计直接就凉了。
还未开战便受到如此打击，所有人的心情都变得非常的沉重，而更沉重的是，第五使徒已经直奔第三冬京市而来，并且悬停在第三冬京市的上空，缓缓探出了巨大的钻头。
无论是那个使徒，他们出来的目标其实都是第三冬京市最底层的莉莉丝，正是因为莉莉丝就在地下，所以其他使徒才会远远不断的往第三冬京市这边赶来。
莉莉丝事关人类补全计划，自然不能有失，更何况使徒攻击的第三冬京市还有不少平民居住，所以他们一定要尽快解决掉这个使徒，随后葛城美里提出了原剧中的那个计划，也就是用阳电子炮远程击杀使徒。
这个计划一出叶云就直接提出了反对意见，原因是阳电子炮需要消耗的能量巨大，需要大量的准备，且准备的过程中容错率极低，一旦那个环节出现错误，第三冬京市将会毁于一旦
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