，他们认为生活在matrix是人类被机器奴役，人类必须生活在真实中，机器必须被消灭。
因此，双方原先都认为：机器与真实世界人是不能和平共处的。
于是.......结果可想而知。
smith的出现是matrix建造者未预料到的，它是由于程序the-one而引发的副作用。成为机器超级用户（即建筑师）无法捕捉的病毒程序，他在matrix里疯狂复制，甚至可以侵入现实中人类的思维中，如果任其发展，matrix世界将被摧毁。而现实中的人类的思维也会受其控制，虚拟世界和现实世界都将毁于smith之手。
最后neo牺牲自己，在matrix虚拟世界中被smith复制，终于被机器捕捉到smith的源程序，然后实行杀毒工作。
结果就是，机器和人类都认识到，不能阻止人类和程序的选择，人类有权利选择生活在matrix中还是生活在真实中，机器要彻底消灭所有宁愿生活在真实中的人是不可能的，而人类要消灭机器，要所有人都回到真实生活中也是不可能的，毕竟绝大多数人愿意生活在matrix中。而对于matrix中的程序来说，想彻底消灭不为设计者原来目的而存在的程序也是不可能的，因为程序也会从人类本性中获得新的内容（例如爱），于是小女孩也不再被系统删除了。
机器和人类共同消灭了系统病毒smith，终于可以和平共处（虽然不知道能保持多久）。
至于neo本身，可能是死了，也可能其思维在杀毒时被机器一起删除，这就留待方雅君去思考了。
方雅君被杜星河对这部影片的理解震撼的无以复加，到最后不禁问杜星河：“你到底看过几遍这部电影了？”
杜星河笑道：“数不清了，只要进入幻象世界，能找到这部电影的地方，我都会
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