家带来了困扰，让玩家学会神通技能不再那么容易，但同样也有好处，那就是玩家艹纵法宝时发挥的威力变得和NPC完全一样了。
并且，玩家熟练掌握神通技能后，战斗时不存在冷却时间限制的设定，只要玩家的法力值没有耗尽，就能一直使用一个神通。
《神话》第二阶段自主修炼模式还有一个颠覆姓的改变，那就是取消了经验值设定和杀怪设定。等级超过六阶并且完成自主修炼，开启了自主修炼模式的玩家要想提升实力，只能像NPC一样听大能者讲道或者寻找一些奇遇，同时自身也要花大量时间理解“道”。
玩家提升实力与NPC完全相同，不同《神话》体系有着不同的方式，比如奥林匹斯神系只有增强信仰，想办法获得神职；而西牛贺州佛教的玩家就惨了，佛教NPC的修炼方式是极为辛苦的，还好有发大宏愿这个作弊利器让佛教玩家聊以自慰。
玩家的追随者也不再以数据的形式体现，追随者与玩家之间的关系不再是绝对的主从关系。比如陆小七的追随者哪吒已经是六阶太乙金仙，他的忠诚度是100，他与陆小七的关系就像红云和镇元大仙那样，虽说没有了原来的约束，但陆小七遇到困难他绝对会前来助拳。
六阶完全自主修炼模式还有一个巨大的变化，那就是NPC给玩家好处不会被系统惩罚了。系统做出这种改变也很正常，玩家成为太乙金仙后已经有了一定的身份地位，比如陆小七三代亲传大弟子的身份，如果普通记名弟子都能得到通天圣人赐予的法宝，圣人赐予陆小七法宝却要被系统限制，显得不合情理。
六阶以前系统限制NPC不能给玩家好处，主要是担心NPC给亲近玩家逆天的装备法宝，让玩家可以轻松打怪刷等级。既然六阶已经取消了打怪升级模式，这种限制就显得很没必要，反正玩家提升实力只能靠自己修炼，NPC给玩家好处顶多就是给
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